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* 観測部（計画課、観測課、気象衛星課） - 気象衛星や[[ラジオゾンデ]]、地上の観測機器を用いて気象観測を行う。
* 地震火山部（管理課、地震津波監視課、地震予知情報課、火山課） - 地震、津波や火山の観測を行い、地震情報などを発表する。[[気象庁精密地震観測室|精密地震観測室]]は地震津波監視課に属する。
* 地球環境・海洋部（地球環境業務課、気候情報課、海洋気象課、環境気象管理官） - 地球環境問題や海上気象観測などを行
=== 施設等機関 ===
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