Discrete optimized protein energy
DOPEあるいはDiscrete Optimized Protein Energy[1]は、タンパク質構造予測においてホモロジーモデルを評価するために使われる統計ポテンシャルである。DOPEは標本の天然構造に依存した半径を持つ均一な球中の相互作用していない原子に対応する改良基準状態に基づく。したがって、DOPEは 天然構造の有限ば球形から成る。人気のあるホモロジーモデリングプログラムMODELLERに実装されている。MODELLERによって多数の繰り返しにより生成されたタンパク質モデルのエネルギーを評価するために使われる。これによって空間的拘束を満足するホモロジーモデルが生み出される。最小のmolpdf（MODELLER objective function）を返すモデルを最も良い推定構造として選ぶことができ、さらにDOPE scoreを使って評価するために使うことができる。現行バージョンのMODELLERソフトウェアと同様に、DOPEはPythonで実装されており、MODELLER環境内で動作する。DOPE法は一般的に全体的な構造モデルの品質を評価するために使うことができる。別法として、DOPEは入力モデルの残基毎のエネルギープロファイルを生成することもでき、これによってユーザーは構造モデル中の問題のある領域の見当を付けることができる。
出典
編集- ^ Shen, Min-yi; Sali, Andrej (2006-11-01). “Statistical potential for assessment and prediction of protein structures” (英語). Protein Science 15 (11): 2507–2524. doi:10.1110/ps.062416606. ISSN 1469-896X. PMC 2242414. PMID 17075131.
外部リンク
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