SHH
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3HO5, 3M1N, 3MXW

識別子
記号SHH, HHG1, HLP3, HPE3, MCOPCB5, SMMCI, TPT, TPTPS, sonic hedgehog, Sonic hedgehog, ShhNC, sonic hedgehog signaling molecule
外部IDOMIM: 600725 MGI: 98297 HomoloGene: 30961 GeneCards: SHH
遺伝子の位置 (ヒト)
7番染色体 (ヒト)
染色体7番染色体 (ヒト)[1]
7番染色体 (ヒト)
SHH遺伝子の位置
SHH遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点155,799,980 bp[1]
終点155,812,463 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス)
5番染色体 (マウス)
染色体5番染色体 (マウス)[2]
5番染色体 (マウス)
SHH遺伝子の位置
SHH遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点28,661,813 bp[2]
終点28,672,254 bp[2]
RNA発現パターン
さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能 calcium ion binding
金属イオン結合
patched binding
ペプチダーゼ活性
zinc ion binding
laminin-1 binding
glycosaminoglycan binding
morphogen activity
加水分解酵素活性
血漿タンパク結合
endopeptidase activity
細胞の構成要素 細胞質基質
endoplasmic reticulum lumen

cell surface
脂質ラフト
細胞膜
細胞外空間
細胞外領域
細胞外マトリックス
生物学的プロセス positive regulation of skeletal muscle cell proliferation
パターン指定プロセス
myotube differentiation
mesenchymal cell proliferation
男性生殖器発生
bud outgrowth involved in lung branching
limb bud formation
T cell differentiation in thymus
embryonic pattern specification
positive regulation of skeletal muscle tissue development
positive regulation of immature T cell proliferation in thymus
positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation
negative regulation of Wnt signaling pathway
anatomical structure formation involved in morphogenesis
外胚葉の発生
hindgut morphogenesis
spinal cord dorsal/ventral patterning
formation of anatomical boundary
oligodendrocyte differentiation
気管発生
前立腺発生
negative regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter
四肢の発生
脈管形成
primary prostatic bud elongation
heart looping
telencephalon regionalization
odontogenesis of dentin-containing tooth
positive regulation of mesenchymal cell proliferation
血管新生
positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development
positive regulation of striated muscle cell differentiation
negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
embryonic digestive tract morphogenesis
apoptotic signaling pathway
inner ear development
hair follicle morphogenesis
細胞増殖
metanephros development
lung epithelium development
negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
regulation of proteolysis
branching involved in salivary gland morphogenesis
negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process
positive regulation of neuroblast proliferation
dopaminergic neuron differentiation
intermediate filament organization
泌尿器系発生
cell fate commitment
regulation of transcription, DNA-templated
positive regulation of smoothened signaling pathway
アンドロゲン代謝プロセス
腎臓発生
肺発生
negative regulation of protein catabolic process
胸腺発生
embryonic organ development
negative regulation of cell differentiation
negative regulation of dopaminergic neuron differentiation
embryonic digit morphogenesis
negative regulation of alpha-beta T cell differentiation
positive regulation of sclerotome development
epithelial-mesenchymal cell signaling
遺伝子発現の負の調節
lymphoid progenitor cell differentiation
negative thymic T cell selection
positive regulation of transcription, DNA-templated
positive regulation of Wnt signaling pathway
ventral midline development
中枢神経系発生
心臓発生
branching involved in ureteric bud morphogenesis
negative regulation of T cell proliferation
embryonic limb morphogenesis
positive regulation of cell differentiation
branching involved in prostate gland morphogenesis
positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development
establishment of cell polarity
branching involved in blood vessel morphogenesis
positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation
neuroblast proliferation
膵臓発生
positive regulation of protein import into nucleus
ヘッジホッグシグナル伝達経路
oligodendrocyte development
camera-type eye development
spinal cord motor neuron differentiation
positive regulation of alpha-beta T cell differentiation
digestive tract morphogenesis
hair follicle development
positive regulation of oligodendrocyte differentiation
roof of mouth development
左肺発生
striated muscle tissue development
positive regulation of T cell differentiation in thymus
cellular response to lithium ion
embryonic foregut morphogenesis
解剖学的構造の発生
視床発生
stem cell development
smoothened signaling pathway involved in regulation of cerebellar granule cell precursor cell proliferation
cell fate specification
negative regulation of apoptotic process
negative regulation of transcription by RNA polymerase II
regulation of nodal signaling pathway involved in determination of lateral mesoderm left/right asymmetry
タンパク質分解
embryonic skeletal system development
regulation of protein localization to nucleus
odontogenesis
気道発生
regulation of prostatic bud formation
甲状腺発生
negative regulation of cell migration
developmental growth
右肺発生
determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm
positive thymic T cell selection
mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development
canonical Wnt signaling pathway
遺伝子発現調節
osteoblast development
negative regulation of cholesterol efflux
dorsal/ventral neural tube patterning
regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development
epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development
dorsal/ventral pattern formation
branching morphogenesis of an epithelial tube
lung lobe morphogenesis
embryonic forelimb morphogenesis
中脳発生
皮膚発生
regulation of odontogenesis
regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development
mesenchymal cell proliferation involved in lung development
positive regulation of hh target transcription factor activity
prostate epithelial cord elongation
metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development
エンドサイトーシス
lung morphogenesis
細胞発生
trachea morphogenesis
epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis
細胞間シグナル伝達
salivary gland cavitation
菱脳発生
凝固・線溶系
negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation
somite development
cerebellar granule cell precursor proliferation
軸索誘導
negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation
positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation
多細胞個体の発生
animal organ formation
intein-mediated protein splicing
determination of left/right symmetry
脈管構造発生
positive regulation of gene expression
regulation of cell population proliferation
embryonic morphogenesis
neural crest cell migration
polarity specification of anterior/posterior axis
positive regulation of cell population proliferation
動脈発生
protein localization to nucleus
Bergmann glial cell differentiation
前脳発生
neuron fate commitment
CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment
striated muscle cell differentiation
myoblast differentiation
lung-associated mesenchyme development
epithelial tube branching involved in lung morphogenesis
positive regulation of cell division
positive regulation of transcription by RNA polymerase II
anterior/posterior pattern specification
embryonic hindlimb morphogenesis
forebrain regionalization
cell proliferation in external granule layer
tracheoesophageal septum formation
regulation of signaling receptor activity
出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
ヒトマウス
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq
(mRNA)

NM_000193
NM_001310462

NM_009170

RefSeq
(タンパク質)

NP_000184
NP_001297391

NP_033196

場所
(UCSC)
Chr 7: 155.8 – 155.81 MbChr 7: 28.66 – 28.67 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
閲覧/編集 ヒト閲覧/編集 マウス
テンプレートの解説[表示] [編集] [履歴] [キャッシュを破棄]

遺伝子もしくはたんぱく質のページで使用されるテンプレートです。

使い方

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{{infobox_gene}}

とページの先頭に貼り付けると、ウィキデータからデータを取得して、自動で情報を整形して表示します。データはすべてウィキデータから読んでいるので、ウィキペディア上で入力するオプションなどはありません。

別のウィキデータのページの情報を呼び出して表示させたい場合は

{{#invoke:Infobox_gene|getTemplateData|QID=Q14860072}}

のようにします。ここで Q14860072ソニック・ヘッジホッグの遺伝子についてのウィキデータのページです。よってこのコードを使用すると、どこのウィキペディアのページからでも、ソニック・ヘッジホッグの情報を表示させることができます。

数値などを変更したい場合は、表示されたインフォボックス下部にある編集ボタンから、該当ページに飛んで編集してください。 ただし遺伝子およびたんぱく質に関するウィキデータ上の膨大な情報のほとんどは、ウィキデータ設立当初の2013年から2017年現在まで、英語版を中心とする現役の研究者たちがプロジェクトとして投稿・更新を行ってくれています。自分で直接編集するよりは、頼んで編集・修正してもらった方が、情報の形式の整合性などの点から考えれば、安全かもしれません。プロジェクトの中心となっているボット・アカウントはこちらです(→d:User:ProteinBoxBot

データの読み出し・変換・整形などの処理は、すべて Module:Infobox_gene が行っています。

仕組み

編集

簡単な仕組みの解説です。

「種」ごとに別ページ

編集

ウィキデータ上では、遺伝子の情報は「種」ごとに別々のページに保存されています。2017年現在、大量の情報が投稿されているのは「ヒト」と「マウス」のみです。ヒトは約2万の遺伝子を持つと言われますが、2017年現在、そのうち5割~6割程度の遺伝子について、独立したページがウィキデータに作成されています。その他いくつかのモデル生物に関しても、ごく少量ですが、遺伝子に関するページがウィキデータに作成されています。

これらの内、ウィキペディアにある遺伝子の記事と紐付けられているのは、「ヒト」に関する遺伝情報のページです。

たとえば「ピカチュリン」という記事がウィキペディアにあります。

このページと紐付けられているウィキデータ項目は d:Q18050476 です。これはヒトの持っているピカチュリン遺伝子についてのページです。

このウィキデータ項目の中にオーソログについて記録している「ortholog (P684)」という欄があります(縦長のページですが、真ん中ぐらいの所です)。ここで他の生物が持つピカチュリン遺伝子について記述したページへリンクが張られています。

ここを見ると、マウス(Mus musculus)が持っているピカチュリン遺伝子に関する情報は、d:Q18300872に保存されていることが分かります。(他にドブネズミC. elegansキイロショウジョウバエが持っているピカチュリン遺伝子のページへもリンクが張られています)

ここからヒトとマウスに関する遺伝子の情報を取り寄せ、それを一体にして整形して表示する、それがこのテンプレートの簡単な仕組みです。

「遺伝子」と「たんぱく質」で別ページ

編集

ウィキデータ上では、遺伝子の情報は「種」ごとに別々のページに保存されていることを上に書きましたが、実はさらに「遺伝子」と「たんぱく質」でも別ページに分かれています。

たとえば再び同じ例ですが、「ピカチュリン」についての、ヒト遺伝子の情報は ウィキデータ上では d:Q18050476 に保存されています。これは遺伝子に関するページです。

この遺伝子がコードしているたんぱく質については 「encodes(P688)」 という欄に情報が記述されています(上からちょっと降りた所です)。この欄を見ると d:Q335669へのリンクが張られています。このページはピカチュリンという「たんぱく質」に関する情報をまとめたページです。テンプレートで表示される遺伝子オントロジー系の情報は、こちらのたんぱく質のページの方に書かれていることが分かります。

一方、たんぱく質のページの方には、自分をコードしている遺伝子について記述している「encoded by(P702)」という欄があります。この「encoded by(P702)」の欄と、先ほどの「encodes(P688)」の欄を通して、遺伝子のページとたんぱく質のページが相互に接続されています。

これにより「たんぱく質」として立てられているページ(たとえばリーリン)においてこのテンプレートを使用しても、「encoded by(P702)」の欄に書かれている情報を参照して、自動で遺伝子のページを見つけて情報を取ってきて表示してくれる、という仕組みになっています。

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000164690 - Ensembl, May 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000002633 - Ensembl, May 2017
  3. ^ Human PubMed Reference:
  4. ^ Mouse PubMed Reference: