APAF1(apoptotic peptidase activating factor 1)はアポトーシスに関与するタンパク質で、線虫Caenorhabditis elegansのCED-4のヒトホモログである[5][6][7]

APAF1
PDBに登録されている構造
PDBオルソログ検索: RCSB PDBe PDBj
PDBのIDコード一覧

1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT

識別子
記号APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
外部IDOMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: APAF1
遺伝子の位置 (ヒト)
12番染色体 (ヒト)
染色体12番染色体 (ヒト)[1]
12番染色体 (ヒト)
APAF1遺伝子の位置
APAF1遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点98,645,290 bp[1]
終点98,735,433 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス)
10番染色体 (マウス)
染色体10番染色体 (マウス)[2]
10番染色体 (マウス)
APAF1遺伝子の位置
APAF1遺伝子の位置
バンドデータ無し開始点90,989,311 bp[2]
終点91,082,770 bp[2]
RNA発現パターン




さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能 熱ショックタンパク質結合
ADP binding
血漿タンパク結合
identical protein binding
ATP binding
ヌクレオチド結合
cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process
細胞の構成要素 細胞質
細胞質基質
エキソソーム
細胞核
アポトソーム
細胞外領域
secretory granule lumen
ficolin-1-rich granule lumen
高分子複合体
生物学的プロセス cellular response to transforming growth factor beta stimulus
neuron apoptotic process
regulation of apoptotic process
細胞分化
低酸素症への反応
response to nutrient
response to G1 DNA damage checkpoint signaling
老化
positive regulation of apoptotic signaling pathway
glial cell apoptotic process
神経系発生
多細胞個体の発生
cardiac muscle cell apoptotic process
intrinsic apoptotic signaling pathway
intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress
neural tube closure
脳発生
positive regulation of apoptotic process
apoptotic signaling pathway
前脳発生
regulation of apoptotic DNA fragmentation
protein homooligomerization
activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c
アポトーシス
好中球脱顆粒
negative regulation of G0 to G1 transition
腎臓発生
出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
ヒトマウス
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq
(mRNA)

NM_001160
NM_013229
NM_181861
NM_181868
NM_181869

NM_001042558
NM_001282947
NM_009684

RefSeq
(タンパク質)

NP_001151
NP_037361
NP_863651
NP_863658
NP_863659

NP_001036023
NP_001269876
NP_033814

場所
(UCSC)
Chr 12: 98.65 – 98.74 MbChr 12: 90.99 – 91.08 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
閲覧/編集 ヒト閲覧/編集 マウス

機能

編集

APAF1遺伝子は、アポトーシス調節ネットワークの中心的なハブの1つを形成する細胞質タンパク質をコードする。APAF1タンパク質は(N末端から)CARDドメイン英語版ATPアーゼドメイン(NB-ARC)、短いヘリカルドメイン、そして数個のWD40リピートドメインを含む。シトクロムcdATPの結合に伴って、オリゴマーからなるアポトソームを形成する。アポトソームはカスパーゼ-9前駆体を結合して切断し、成熟した活性化型として放出する。この反応の正確な機構については未だ議論があるが、アポトソームはカスパーゼ-9の二量体化を誘導し、その後に自己触媒が行われることが示唆されている[8]。活性化されたカスパーゼ-9はその後カスパーゼカスケードを刺激し、細胞をアポトーシスに従事させる。

選択的スプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする7種類のバリアントが産生される[5]

構造

編集

APAF1は6本のヘリックスからなるグリークキーモチーフを持つCARDドメイン、ロスマンフォールド型のヌクレオチド結合ドメイン、短いヘリカルモチーフ、ウィングドヘリックス(winged-helix)ドメインを含む[9]

相互作用

編集

APAF1は次に挙げる因子と相互作用することが示されている。

出典

編集
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120868 - Ensembl, May 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl, May 2017
  3. ^ Human PubMed Reference:
  4. ^ Mouse PubMed Reference:
  5. ^ a b Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1”. 2021年11月7日閲覧。
  6. ^ “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021. 
  7. ^ “Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization”. Cytogenetics and Cell Genetics 87 (3–4): 252–3. (1999). doi:10.1159/000015436. PMID 10702682. 
  8. ^ “The apoptosome activates caspase-9 by dimerization”. Molecular Cell 22 (2): 269–75. (Apr 2006). doi:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894. 
  9. ^ “Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP”. Nature 434 (7035): 926–33. (Apr 2005). doi:10.1038/nature03465. PMID 15829969. 
  10. ^ a b “Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein”. The Journal of Biological Chemistry 279 (38): 39942–50. (Sep 2004). doi:10.1074/jbc.M405747200. PMID 15262985. 
  11. ^ a b “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC22498/. 
  12. ^ a b “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720. 
  13. ^ “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557. 
  14. ^ a b “A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis”. The Journal of Biological Chemistry 276 (12): 9239–45. (Mar 2001). doi:10.1074/jbc.M006309200. PMID 11113115. 
  15. ^ “Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70”. Nature Cell Biology 2 (8): 476–83. (Aug 2000). doi:10.1038/35019510. PMID 10934467. 

関連文献

編集

外部リンク

編集