- （事業者変更）6月1日 - ニューブリーズ号、広島電鉄が運行から撤退し、翌日出発便より中国JRバス・JRバス関東・小田急シティバスの3社による運行となる。
- （新サービス開始）6月1日 - SUNQパス。利用可能事業者にサンデン交通および4航路を追加。4日間用を発売開始
- （路線新設）6月6日 - 西鉄高速バス・伊予鉄道。夜行高速バス福岡・北九州 - 松山線「道後エクスプレスふくおか号」（2009年1月31日までの試行運行）
- （運行終了・廃止）6月30日 - 宮城交通・山交バス。仙台空港 - 山形線。
- （運行終了・季節運行化）6月30日 - 宮城交通・山交バス。仙台 - 山形蔵王線（それ以降は冬季のみの運行）。
- （運行終了・休止）6月30日 - 東北急行バス。ネオスイート号。
- （事業者変更）6月30日 - 東京 - 江戸崎線、JRバス関東が運行から撤退し、翌日より関東鉄道の単独運行となる。
- （運行終了）6月30日 - 西武バス・名古屋観光日急。大宮・所沢 - 名古屋線。
- （事業者変更）6月30日 - ドリームなんば・堺号、JRバス関東・西日本JRバスの2社が運行から撤退し、翌日出発便より南海バスの単独運行となる。
- （事業者変更）6月30日 - ニューブリーズ号、JRバス関東が運行から撤退し、翌日出発便より中国JRバス・小田急シティバスの2社による運行となる。
