1958年の第40回大会と同様に記念大会として一府県一代表が認められたが、1959年の第41回大会から北海道が南北2代表となっていたため、北海道から2校と46都府県から1校ずつの計48校が出場して行われた。また、開催期間の長期化を避けるため、3回戦までの40試合のうち18試合で阪急西宮球場が使用された。
第40回大会では甲子園球場と西宮球場にラッキーゾーンの有無という違いがあったが、西宮球場にも1960年にラッキーゾーンが設置され、この違いも解消された。しかし、甲子園球場で試合をすることなく、西宮球場で行われた試合で敗退した学校の不満は大きく[1]、この大会以降、甲子園球場以外の球場は使用されなくなった。
| 試合日 |
球場 |
試合順 |
勝利 |
スコア |
敗戦
|
| 8月9日 |
甲子園 |
第1試合 |
静岡 |
4 - 1 |
市西宮
|
| 第2試合 |
新潟商 |
1 - 0 |
鹿児島
|
| 第3試合 |
桐生 |
1 - 0 |
米子南
|
| 8月10日 |
甲子園 |
第1試合 |
中京商 |
4 - 3 |
津久見
|
| 第2試合 |
宮崎商 |
8 - 1 |
函館工
|
| 第3試合 |
松商学園 |
3 - 2 |
京都商
|
| 第4試合 |
徳島商 |
9 - 2 |
日大一
|
| 西宮 |
第1試合 |
銚子商 |
12 - 1 |
柳川商
|
| 第2試合 |
岡山東商 |
2 - 1 |
水戸工
|
| 第3試合 |
甲府商 |
10 - 2 |
武雄
|
| 8月12日 |
甲子園 |
第1試合 |
高田商 |
8 - 5 |
釧路商
|
| 第2試合 |
磐城 |
5 - 1 |
丸亀商
|
| 第3試合 |
相可 |
6 - 2 |
大社
|
| 西宮 |
第1試合 |
大宮 |
7 - 1 |
海星
|
| 第2試合 |
下関商 |
1 - 0 |
富山商
|
| 第3試合 |
能代 |
12 - 1 |
長浜北
|
| 試合日 |
球場 |
試合順 |
勝利 |
スコア |
敗戦 |
備考
|
| 8月13日 |
甲子園 |
第1試合 |
横浜 |
3 - 1 |
若狭 |
|
| 第2試合 |
明星 |
6 - 0 |
大垣商 |
|
| 第3試合 |
九州学院 |
21 - 3 |
足利工 |
|
| 西宮 |
第1試合 |
首里 |
4 - 3 |
日大山形 |
|
| 第2試合 |
南部 |
2 - 0 |
金沢泉丘 |
|
| 第3試合 |
広陵 |
3 - 0 |
花巻北 |
|
| 8月14日 |
甲子園 |
第1試合 |
今治西 |
9 - 4 |
仙台育英 |
|
| 第2試合 |
銚子商 |
4 - 3 |
静岡 |
|
| 第3試合 |
下関商 |
5 - 0 |
松商学園 |
|
| 西宮 |
第1試合 |
東奥義塾 |
4x - 3 |
高知 |
延長10回
|
| 第2試合 |
高田商 |
4 - 2 |
徳島商 |
|
| 第3試合 |
中京商 |
8 - 1 |
大宮 |
|
| 8月15日 |
甲子園 |
第1試合 |
桐生 |
5 - 0 |
新潟商 |
|
| 第2試合 |
磐城 |
2 - 1 |
相可 |
|
| 西宮 |
第1試合 |
岡山東商 |
5 - 1 |
能代 |
|
| 第2試合 |
甲府商 |
2 - 1 |
宮崎商 |
|
| 試合日 |
球場 |
試合順 |
勝利 |
スコア |
敗戦 |
備考
|
| 8月15日 |
甲子園 |
第3試合 |
横浜 |
3 - 2 |
中京商 |
|
| 西宮 |
第3試合 |
下関商 |
8 - 0 |
首里 |
|
| 8月16日 |
甲子園 |
第1試合 |
今治西 |
3 - 1 |
東奥義塾 |
|
| 第2試合 |
高田商 |
1 - 0 |
広陵 |
|
| 第3試合 |
銚子商 |
5x - 4 |
磐城 |
延長10回
|
| 西宮 |
第1試合 |
九州学院 |
1 - 0 |
岡山東商 |
|
| 第2試合 |
桐生 |
9 - 4 |
南部 |
|
| 第3試合 |
明星 |
11 - 0 |
甲府商 |
|
| 試合日 |
試合順 |
勝利 |
スコア |
敗戦 |
備考
|
| 8月18日 |
第1試合 |
下関商 |
2 - 1 |
桐生 |
|
| 第2試合 |
今治西 |
3 - 0 |
銚子商 |
|
| 第3試合 |
明星 |
4x - 3 |
九州学院 |
|
| 第4試合 |
横浜 |
2x - 1 |
高田商 |
延長10回
|
| 試合日 |
試合順 |
勝利 |
スコア |
敗戦
|
| 8月19日 |
第1試合 |
明星 |
5 - 0 |
横浜
|
| 第2試合 |
下関商 |
3x - 2 |
今治西
|
8月20日（試合開始：13時）
| |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
R |
H |
E |
|---|
| 明星
| 2 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
2 |
4 |
1 |
| 下関商
| 0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
1 |
7 |
2 |
- （明）：堀川、角田 - 和田
- （下）：池永 - 秋田
- 審判
［球審］米谷
［塁審］山本・大橋・河合 - 試合時間：2時間13分
| 明星 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手
|
|---|
| 1 | [右] | 片山宏（3年） |
| 2 | [遊] | 中村真（3年） |
| 3 | [中] | 木下美智雄（3年） |
| 4 | [捕] | 和田徹（3年） |
| 5 | [一] | 浜田美彦（2年） |
| 6 | [三] | 松村文雄（3年） |
| 7 | [投]左 | 堀川浩伸（2年） |
| 8 | [二] | 山岡文次郎（2年） |
| 二 | 森永牧雄（2年） |
| 9 | [左]投 | 角田哲美（2年） |
|
| 下関商 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手
|
|---|
| 1 | [右] | 坂本勝治（3年） |
| 2 | [二] | 清田幸男（3年） |
| 3 | [中] | 西村毅（3年） |
| 4 | [遊] | 佐野芳徳（3年） |
| 5 | [投] | 池永正明（2年） |
| 6 | [左] | 綿部正尚（2年） |
| 7 | [三] | 岡田希代達（2年） |
| 8 | [捕] | 秋田健二（2年） |
| 9 | [一] | 加治善昭（2年） |
| 打一 | 坂本太平（2年） |
|
- 1回戦
- 第1号：田中達彦（銚子商）
- 第2号：伊藤一男（銚子商）
- 第3号：山口勝博（柳川商）
- 第4号：原口二郎（武雄）
- 第5号：永野孝男（大宮）
- 2回戦
- 第6号：和田徹（明星）
- 第7号：滝川陽一（九州学院）
- 第8号：福島正文（九州学院）
- 第9号：津村亨（高田商）
- 第10号：稲垣純二（甲府商）
- 3回戦
- 第11号：北村琢磨（中京商）
- 第12号：西村毅（下関商）
